税務調査の連絡が来たら：医療法人が最初に確認したいこと

2026年10月時点の制度にもとづく一般的な情報です。個別のご事情によって対応は異なります。

税務署から「税務調査をさせていただきたい」という連絡が来ると、多くの院長・事務長の方は不安を感じます。ただ、税務調査は申告内容を確認するための手続きで、連絡が来たからといって、必ず問題があるというわけではありません。

この記事では、連絡が来てから当日までに確認・準備しておきたいことを、一般的な形で整理します。

1. 事前の連絡で確認すること

税務署が調査を行う場合、原則として事前に連絡があり、次のような内容が伝えられます。

• 調査を始める日時と場所
• 調査の目的、対象となる税目と期間
• 確認の対象となる帳簿や書類

連絡を受けたら、これらをメモに残しておきましょう。顧問税理士が「税務代理権限証書」を提出している場合は、税理士にも通知が届きます（納税者の同意があれば、税理士だけに通知されることもあります）。まずは顧問税理士に連絡し、対応を相談してください。

2. 日程は相談できる

伝えられた日時の都合が悪い場合は、理由を伝えて日程の変更を相談することができます。診療の予定や、決算・届出の時期と重なる場合は、早めに相談しましょう。

3. 調査の日までに準備しておきたいこと

帳簿・書類をそろえる

• 対象となる期間の決算書・申告書
• 総勘定元帳などの帳簿、会計ソフトのデータ
• 請求書・領収書、預金通帳、契約書
• レセプトの請求と入金の記録、自費診療の売上の記録
• 給与台帳、源泉所得税の資料

気になる点を整理しておく

申告の内容で気になっている点（処理に迷った取引など）があれば、事前に顧問税理士と確認しておきましょう。当時の判断の理由を説明できるようにしておくことが大切です。

場所と立会いの段取り

調査を行う部屋、説明する人（理事長・事務長・経理担当）、税理士の立会いの有無などを決めておきます。診療への影響が少ないよう、院内の段取りも確認しておきましょう。

4. 当日の一般的な流れ

1. あいさつと、事業の概要についての質問
2. 帳簿・書類の確認
3. 不明な点についての質問と回答

調査が1日で終わらず、後日あらためて確認が行われることもあります。調査の結果、申告内容に修正が必要とされた場合は、その内容と理由の説明を受けたうえで、対応を検討します。

5. 日ごろからできる備え

• 帳簿や書類を、決められた期間きちんと保存しておく
• 処理に迷った取引は、その都度税理士に相談し、記録を残す
• 毎月の会計処理を遅らせず、数字の変化に気づける状態にしておく

まとめ

• 連絡が来たら、日時・税目・期間・対象の書類をメモし、まず顧問税理士に相談する
• 日程の都合が悪ければ、理由を伝えて相談できる
• 帳簿・書類をそろえ、気になる点は事前に整理しておく

当法人では、税務調査の連絡が来たときの事前準備から、調査当日の対応まで支援しています。国税局・税務署での勤務経験を持つ税理士も在籍しています。詳しくはサービスのページをご覧ください。